张居正夺情之事时，王锡爵冲上门逼着张居正，害得人家拔刀子横脖子上，此事天下皆知。还有一事，就是王锡爵与高拱的冲突。
那是高拱当首辅的时候，权势极大，无人敢惹。当时吏科都给事中韩揖依仗是高拱的得意门生，更是不把其他官员放在眼底。
有一次早朝排班的时候，韩揖越次而立与一名同僚聊天。王锡爵当时不过是小小翰林中允，见这一幕当即站在韩揖面前道：“这里不是权相的堂庑，你怎么敢站在我的前面？”
退朝以后，韩揖把这件事立即禀告给高拱。以高拱的性子，闻之此事肯定是气得不得了。
当即高拱把王锡爵传唤到内阁。高拱怒气冲冲地，就要亲自开口教训王锡爵，哪知道高拱还没开口，王锡爵就先指着高拱的鼻子大骂。
高拱仓卒之间，没料到一个小翰林居然敢指着自己堂堂首辅破口大骂，当即是懵圈了。
然后高拱马上把时任礼部尚书马自强叫来。
等到马自强到后，高拱与马自强二人当即一起骂王锡爵。
这马自强是王锡爵的房师，故而马自强一到，王锡爵根本不敢顶嘴，只要任着高拱，马自强批评了一顿。此事令当时的官员都是印象深刻，既是敬佩王锡爵确实是够有骨气，同时也是佩服高拱的急智，在谁也没想到的时候，居然搬出了王锡爵的老师来息斗，一般人这还真想不到。