可是由于之前的矛盾，别儿怯不花在工作上不断给脱脱制造麻烦，很不配合脱脱的工作。于是脱脱以生病为由，上表请辞，妥懽帖睦尔不同意。脱脱之后又一连上了17道表章，最后妥懽帖睦尔无奈地同意了他的辞职请求，并问他何人可以继任，脱脱向皇帝推荐了阿鲁图，于是阿鲁图被任命为中书右丞相。妥懽帖睦尔封脱脱为郑王，食邑安丰（今安徽寿县），又赏赐脱脱不少金银，脱脱都一概不受。
阿鲁图与别儿怯不花共掌国政后，开始两个人还算和谐，国家也平安无事，后来因为脱脱的原因，两人开始反目成仇。别儿怯不花多次暗地里怂恿其党羽大臣弹劾阿鲁图，最后阿鲁图也愤而辞职，皇帝没有办法就任用别儿怯不花为右丞相，任用铁木儿塔识为左丞相。
别儿怯不花执政后，多次在皇帝面前大进谗言，对脱脱进行诬陷诽谤，捏造脱脱一家的罪名：说脱脱之父马札儿台假意回府养病，实际上却是结党营私，图谋不轨；妥懽帖睦尔竟然信以为真，于是把马札儿台放逐到西宁（今青海西宁）。脱脱为了照顾年迈多病的父亲，给妥懽帖睦尔上疏请求和父亲一起去西宁，皇帝批准了。由于脱脱的悉心照料，马札儿台安全地到达西宁，这个消息传到别儿怯不花那里，他的心里十分的不爽。之后又唆使省台的官员给朝廷上疏，说马札儿台与当地的叛乱分子勾结；不辨真假的妥懽帖睦尔竟然直接下旨将马札儿台迁到西域，可怜的马札儿台与脱脱父子不敢违抗圣旨，只能冒险又往西行。