很快，顾宪成就把挑剔的目光投向了新的内阁，新任首辅王锡爵荣升为他新的征讨目标，顾大人不遗余力地重新开骂，旨在批判朝廷的工作态度不佳，相比张居正改革时热火朝天的干劲，王锡爵展现的完全是一副碌碌无为的颓废样子。这一番政治争斗，王锡爵和铁腕张居正的水平可不在一个基本线上，阁臣的拥护派和反对派很快闹得不可开交，这场争论内斗，一般被视为晚明党争的序幕。
2.风声雨声读书声声声入耳，家事国事天下事事事关心
紧接着，纷争达到了高潮。万历二十一年（公元1593年），明朝官员迎来了大明六年一度的“京察”。京察制度自弘治时期便制定成例，规定朝廷每过六年要大规模考察一次京官，根据考核结果决定奖惩、去留等问题，京察分为南察、北察两个场区，本意是对官僚队伍进行定时清洗、保持队伍的先进性建设。但是到了晚明时期，朝纲涣散、内政废弛，京察秩序已然混乱不堪，因为考量结束后会发生大动作的裁员升职变化，所以京察制度就常常被许多心机深重之徒当作铲除对手、扶植友党的大好机会。发生在万历二十一年（公元1593年）的京察纷争正是党争形成的标志，也是晚明祸事的起源。这一年负责考察众官员的是吏部尚书孙鑨、考功郎中赵南星、吏部员外郎顾宪成等人，《明史》中有这样一句话：“二十一年京察，吏部尚书孙鑨、考功郎中赵南星尽黜执政私人，宪成实左右之。”他们为官理念相近，追求刚正不阿、秉公办事的目的，而顾宪成更是这些“ETC”（自动抬杠机）中的佼佼者，在他的大力影响之下，此次考核吏部将一大批被认为靠私人关系攀附混进官僚队伍的人罢黜惩戒，这其中有不少和阁臣关系亲密的官员，所以京察结束后，阁臣便展开了对吏部“处理不公”的反驳，在阁臣的弹劾下，万历出面指责吏部结党擅权，顾宪成帮助孙鑨上疏辩驳，却不仅没有成功，反而让万历将孙鑨、赵南星引退、革职，一些支持吏部的官员也受到牵连，受到处罚支持吏部的一众将这笔账全部算在了被京察打击到的阁臣集团头上，尤其坚信，是王锡爵指使阁臣陷害，并私自票拟给吏部扣上了结党营私的罪名。作为吏部管理人事工作的顾宪成，在这一场京察斗法之中，虽然没有和孙鑨、赵南星一起遭到贬黜，却也坚定地站在吏部的阵营，努力炮轰王锡爵为首的阁臣，他的这种行为很快导致了万历的反感，然而因为他品级不高、目标不算大，且本人为官正直、支持率较高而保留住了官职，不久后又升了职，这就是积累人脉的重要性啊！不过，顾大人并没有珍惜这次升职的机会，仅仅过了一年，在一次推举阁臣的事情中，顾宪成就因为绝对坚持自己的原则而完全站在了万历的对立面，成功吸引了万历的注意，万历勃然大怒，果真将顾宪成革去了官职，驱逐回了老家。