1993年6月1日，布隆迪举行了有史以来的第一次多党选举。以胡图族人为主的反对党布隆迪民主阵线总统候选人梅尔其奥尔·恩达达耶，出乎意料地获得64.75％的选票取胜，布约亚在竞选总统中失败。恩达达耶成为16世纪以来布隆迪的第一位胡图族人登上国家元首的宝座。
在同年6月29日举行的议会选举中，恩达达耶领导的布隆迪民主阵线又获大胜，在81个议席中获得65席。布隆迪武装部队始终掌握在图西族手里，武装部队中95%的官兵是图西族人。军人一直在布隆迪国家事务中占据着主导地位，前几届总统米歇尔·米孔贝罗、让·巴蒂斯特·巴加扎和布约亚都是图西族出身的军人，也都是通过政变上台的。
尽管布隆迪布约亚执政期间实行了政治多元化制度，但武装部队始终牢固地掌握在图西族手里，并未摆脱部族政治势力的操纵及其影响，因此武装部队的领导人和高中级军官不愿接受这次选举结果，让反对派胡图族的恩达达耶出任国家元首。一些图西族的政界人物，试图利用武装部队的部族主义倾向，重新夺回权力，他们诬蔑恩达达耶的当选是“一次部族的政变”。
恩达达耶总统上台后，致力实现民族和解，如任命图西族的西尔维·基尼吉女士为总理，以求部族之间的平衡，而忽视了政界和武装部队中根深蒂固的部族主义倾向。他过早地同意让部族主义思想严重的前总统巴加扎在布约亚执政时回国，匆忙地释放极端的部族主义分子、军界领导人让·比科马古和姆博宁帕，特别是重新起用让·比科马古为武装部队总参谋长。这些军政界人物还都有争夺权力的个人野心。果真，在恩达达耶上台不久，就出现了策划政变、推翻恩达达耶总统的阴谋活动。