朝廷看到叛军一直十分猖狂，自然也猜到了缘由，不久之后便用崔安潜、李琢、张自勉统帅军队追剿起义军，让他们取代了宋威和曾元裕。
王仙芝和黄巢率领的叛军进攻到蕲州、黄州一带，蕲州的刺史裴渥无法抵抗，连连溃败，于是他答应为王仙芝上表朝廷求官，让他们答应暂停战争，邀请王仙芝和黄巢等人一同赴宴。没过多久，朝廷就封王仙芝为左神策军押牙，王仙芝觉得很受用，开始有些动摇了，甚至想要放弃起义，归降朝廷，接受官职。朝廷只封了王仙芝，却没有赏赐黄巢，黄巢十分生气，就对王仙芝说：“当初我们一起立下誓言，要一起并肩作战，替天行道，现在你却想扔下起义军自己去当官，你真的忍心这样做吗？”王仙芝听了这番话没有一点反应，黄巢怒火中烧，打了王仙芝一拳。因为黄巢的强烈反对，以及士兵们的抗议，王仙芝只好拒绝了归顺朝廷。在这之后，黄巢与王仙芝分道扬镳，开始分兵作战。