1794年，费希特成为耶拿大学教授，主持康德哲学讲座，并完善他的哲学体系。
1798年，在他担任《哲学杂志》责任编辑的时候，收到了一篇宗教怀疑论的来稿，虽然费希特不赞同作者观点，但由于他坚持出版自由，还是将此文发表。
费希特在耶拿大学的课程一开始非常受学生的欢迎，他的得意门生当中有个人叫赫尔巴特，后来成为科学教育学的开山者 。但是后来，学生批评他过于清教主义，教师认为他不够虔诚，最终，被迫于1799年离开耶拿迁居柏林。
1806年，普法战争爆发，费希特担负起宣扬爱国主义的任务。
1807年，他回到法军占领的柏林，发表了著名的《对德意志民族的演讲》，同时倡议建立柏林大学。
1810年，柏林大学建立，费希特担任第一任校长。
1813年柏林保卫战爆发，城中挤满伤员，瘟疫流行，费希特的妻子参加了照顾病人的工作，不幸感染斑疹伤寒并传染给费希特。
费希特夫妇于1814年1月先后去世。
费希特以自我意识，或精神自我的创造性活动作为解释经验的唯一源泉。自我意识，或精神自我是自己设定自己的存在。绝对自我，或上帝是精神世界的命令，它是个体自我（有限自我）的原因。感觉世界和独立客体（他们也由绝对自我设定）是“非我”，或者说是在与自我的精神斗争中使自我获得意义的自我的对立面——外在世界。像康德一样，费希特也相信内在精神的价值、人性的合理性、自我责任，以及自由的重要性。