两晋的国子学和太学办得并不是十分景气。西晋惠帝元康年间曾一度两学兴盛，潘岳作《闲居赋》曾描述：“两学齐列，双宇如一，右延国胄，左纳良逸。祁祁生徒，济济儒术，或升之堂，或入之室。教无常师，道在则是。”[8]然好景不长，西晋末至东晋初年，由于政局混乱，战乱此起彼伏，两学一直处于时兴时废状态。淝水之战东晋取胜之后，虽然东南偏安于一时，孝武再兴两学，仍然是起色不大，两学的规模远远不如曹魏及西晋初年，太学与国子学在校学生不过百十余人。这种状况的出现，不仅仅是由于战争频仍，最主要的还是由于自曹魏开始的九品中正制的选官制长期执行，导致士族子弟可以不进学校而专依门第越级升迁。一般士人入学只为避役并不指望通过学校考试就能入仕高官。特别是当时意识形态领域风行老庄，虽然两晋中央官学授课内容已兼有玄学和佛学，但仍是以儒家经学为主，引不起青年学子的兴趣，由此入学人数锐减，这也是导致两学日益衰落的原因之一。