正教院作为最高宗教机关，认为自己直接管理世袭领地不方便，便请求政府恢复教会衙门。这一请求获得批准，教会衙门重新建立。于是管理世袭领地的权力被重新交给1721年被恢复的教会衙门。该衙门由过去的莫斯科副省长瓦·谢·叶尔绍夫法官领导。但需要注意的是，1721—1724年期间的教会衙门已经不是最高级别的政府机关，它从属于正教院，是次一级的中央主管部门，只是代表正教院进行工作。同时，它还从属于参政院和税务委员会。1725年，教会衙门正式易名为正教院财务办事处。
正教院一成立就竭力试图把宗教机构的世袭领地重新纳入它的管辖之下，虽然得到了沙皇的允准，但他们得到的仅仅是管理权，收入仍要上缴国库。根据彼得一世的批复，从前由教会衙门管辖的教会机构的所有世袭领地，交由正教院管理，正教院负责向税务委员会和度支委员会缴纳全部要求增加的税款。这说明，政府在对待教会土地产权方面，本质上并未发生改变。正教院几次努力，想争取政府批准将世袭领地及其收入像从前一样都交还给神甫们，但几次尝试均未奏效。因而，改组后的教会衙门和后来的税务办事处实质上是税务委员会的分局，只是表面上同正教院发生联系。不久后，在税务办事处改组成为从属于参政院的独立中央机关——经济委员会后，这一表面联系也中止了。