由于黄河三门峡段水流湍急、不利水运，加上自然环境恶化等各种因素影响，长安最终在唐代以后逐渐衰落，取而代之的则是开封的崛起。而开封的衰落，也与长安类似。
由于长期的战争动荡导致隋唐大运河水道荒废，使得开封无法接收来自江淮地区的反哺，加上北宋灭亡后国都的搬迁，开封的陨落已是必然。
元朝建都大都后，为了吸收江淮地区的财赋供养帝国运转，开始全力开凿京杭大运河，至元三十年（1293年），京杭大运河全线通航。
仔细观察可以发现，与隋唐大运河的走向有所不同的是，京杭大运河不再向西连接开封，而是南起余杭（今杭州），北至涿郡（今北京），全长约1747公里。京杭大运河的通航之日，也是长安、洛阳和开封等黄河中上游城市的彻底衰落之时。
从线路来看，京杭大运河途经今浙江、江苏、山东、河北四省及天津、北京两市，贯通海河、黄河、淮河、长江、钱塘江五大水系。由于京杭大运河不再连接河南开封等地，这就使开封失去了江淮地区的滋养。
另外，京杭大运河的通航，捧火了运河沿线的山东济宁、天津等新城市，对于开封来说，北宋时期的辉煌往事，已经一去不复返了。
明末变故
到了明朝时，贾鲁河得以疏浚凿通，加上定都南京的朱元璋一度将汴梁改为北京，开封的政治和经济地位又有所提升。