然而，仿佛还只是眨眼间，这日子就被接踵而来的坏消息给打破了，为安全计，清军未及抵达广州，永历帝即仓皇由肇庆逃往梧州。
到得梧州，依李元胤之言，诛杀了常常劫掠行舟，杀戮往来军使抢夺贡物的屯居梧州的明将杨大甫，随后，又令李元胤除掉了弃守南雄意图挟持永历帝降清的罗成耀。
这显然没能阻挡得住局势的快速恶化，不久，广西沦陷的消息也传了过来，永历帝及一帮臣下逃往浔州，李元胤留下阻击清兵。
因为永历帝对自己的恩宠和信任，并没有因养父李成栋战死而有丝毫的改变，李元胤孤军守肇庆，独军于西南驿击败清军。
广州沦陷后，李元胤孤军不支，被清军重围于郁林。绝望之下，李元胤穿上大明朝服，登城四拜，哭叹道：“陛下负臣，臣不负陛下！”
叹毕，自刎而死，广东重又尽陷于清军之手。
清闽浙总督陈锦，会同援兵击溃鲁王朱以海的主力部队后，乘胜追击，再扑灭了各地的义军，浙江形势渐渐稳定下来。
未及喘口气，多尔衮的急檄就到了，命令陈锦一面不吝厚赏，积极招降鲁王手下，一面出兵扫荡四明三寨的义军，剪其羽翼，而后兵集定关，发起舟山战役，彻底消灭盘踞舟山的鲁王及其所部。