江北大营的主持者、钦差大臣琦善已届意气衰朽的晚年。太平军坚守扬州时，虽有咸丰帝的一再严令催促，但他对皇帝所谓的“蕞尔扬州”始终无可奈何。太平军自扬州撤退后，他对“蕞尔瓜洲”依然是无所作为。1854年8月，琦善在扬州军中病故。清廷以前任江宁将军托明阿继任钦差大臣。但托明阿由连镇战场赶赴扬州后，依然久攻瓜洲不下。咸丰帝对此大感失望，他在1855年7月的一份上谕中说：
托明阿自到扬州督兵以来，打仗未尝不力，然往往胜负参半。蕞尔瓜州[洲],并无城池可守，何至被贼久踞，攻剿费力，竟与坚城相等？恐调度或未尽善，抑带兵诸将，恃勇而不济以谋耶？
对于皇帝的指责，托明阿辩解道：
（太平军）将上中下三洲分筑外石内沙之垒，炮弹遇沙即止，不能穿过，较之砖城尤为难攻。又于要路连筑数营，峻垒深濠，回环包路，且中隔运河，与镇江对峙，互相应援。我军分围东西两路，地处沮淤，袤延四五十里，路程纷歧，沟坎错出，大队无从展布。或逼近进攻，该逆凭高击下，枪炮如雨。隔水则地雷难掘，登陴则无处可梯。终经百计诱引，贼终坚匿不出。以故屡次攻城，总未能痛加剿洗。