伴随基督教学说向宗教哲学的这种转换，出现了两种不同的要素：哲学对基督教信仰的辩护，以及哲学同时对基督教信仰的批判。黑格尔用哲学的理性化概念来彰显并且扬弃基督教信仰，这种模棱性正是一切黑格尔左派后来进行宗教批判的依据。在黑格尔的哲学中，费尔巴哈看到了黑格尔最终的宏大企图——统一不可统一的东西：基督教神学与希腊哲学，普遍宗教与处于形而上学顶峰的无神论。最后，黑格尔左派分子鲍威尔在1841年发表了一篇论战文章：《对无神论者和敌基督者黑格尔的最后宣判书》。鲍威尔试图表明：黑格尔哲学中的论说不可能涉及《圣经》的身位上帝和活的上帝，而且同敌视教会的启蒙运动这种肤浅和公开的无神论相比，黑格尔对基督教的精神化是一种更危险的无神论。
正是因为尼采，哲学无神论问题出现了一种新的转向。尼采既不是启蒙意义上的自由精神（Freigeist），也不是宗教哲学家，而是已经成为自由的精神。这种精神在虚无的自由和虚无主义的自由最后终结时，追求一种新的约束。在自己青年时期的第一次危机中，尼采就呼唤过一个新的、“未知的上帝”。作为一种对立的登山训众，查拉图斯特拉的言说成为德国哲学史中攻击基督教的开端；这种攻击不能容忍任何形式的和解，不仅明确地反对宗教的表象形式，而且反对上帝本身、反对耶稣和保罗，反对已经完全沦为世界历史的基督教。尼采所希望的是一种“绝对诚实”的无神论，与此相应的是：“上帝死了”，超人正在出场。同时，绝对诚实的无神论意志也决定了尼采对德国哲学的批判：尼采批判德国哲学是一种半吊子、工于心计的神学。康德和费希特，谢林和黑格尔，还包括费尔巴哈和斯特劳斯，在尼采看来，都是“半吊子僧侣”和“教父”，他们的哲学都是一种堕落的新教形式。“只要我说哲学死于神学血液，人们马上就理解这是德国。新教僧侣是德国哲学的祖父，新教本身也是德国哲学的原罪……想要理解德国哲学在根本上是什么东西，只须吐出‘图宾根学派’的字眼——一种工于心计的神学。”