了凡先生不仅终日静坐，而且不阅文字，即不思进取，丧失了求知欲。因为既然一切皆是命定的，那么人为地去求知和作为也都是徒劳和枉然的。此时的了凡先生已深深陷入了为命运所拘的无可奈何之中。
一年后，即隆庆三年（1569），了凡先生回到南京入当时的高等学府国子监读书。南京乃“六朝佳丽地，金陵帝王州”，是当时人文荟萃的文化中心。了凡先生此时对于读书进取已经丝毫没有欲念，他更关注的是人生观如何为继的问题，所以他到南京后先行去拜望了当时的佛门高僧云谷禅师。之前与孔先生是偶遇，而此次见云谷禅师则是专访，冥冥之中还是与佛有缘，其实是人具备了怎样的气禀就会遇到什么样的人和事。
云谷乃是禅师的号，其法名为“法会”，明代憨山德清曾经撰有《云谷大师传》。大师早有异志，十九岁便开始行脚参方，遍访名师问道。云谷禅师也曾一度执迷于道济禅师的教化之语，日夜参究，废寝忘食。云谷大师所住栖霞山，古称摄山，因山上多珍贵草药，有利于人摄之养生，故而得名。云谷大师爱其环境幽深，入山修行。后来云谷禅师名声不胫而走，声震金陵。在当地名流和官员们的助益下，栖霞道场得以恢复；以后的栖霞寺也成为东南古刹，名动一方。
了凡先生去参访云谷禅师，由于心如死灰，了无生趣，所以他与云谷禅师在一间房间里相对而坐，接连三天三夜都没有合眼，也未曾说过一句话，颇似禅家所说的“不倒单”，仿佛有着高深的道行。