康熙四十七年（1678），探花府因得到在直隶做官的吴氏先贤资助，大搞过一回庭院维修。探花府是一幢多重四合院，进门为前庭；中设天井，后设厅堂住人；厅堂用中门与后厅堂隔开，后厅堂设一堂二卧室；堂室后是一道封火墙，靠墙设天井，两旁建厢房，这是第一进。第二进的结构仍为一脊分两堂，前后两天井，中有隔扇，有卧室四间，堂室两个。第三进、第四进或者往后的更多进，结构都是如此，一进套一进，形成屋套屋。众多的小院用高墙分隔，形成了好几个小天井。吴敬梓家以长房长子居住的那套房子，占据了探花府最好的空间。前庭两旁是厢房，明间为堂屋，左右间为卧室。堂屋没有隔扇，向入口开敞。厢房开间较小，采光不十分明朗。书房和闺房，都在最里头，这样不受来往客人干扰，主人读书疲倦可凭窗远眺。那些向外敞开还没有隐藏在栏杆雕花之中的小窗，可供闺房小姐选择如意郎君时窥看回廊或厅堂来客。外墙还可防盗，暗室入口用砖墙面、木雕装饰等掩盖，并有夹层设计，外人难以发现。整个庭院地形并不特殊，住屋坐南朝北。这个朝向正应了探花府吴家的居住习惯，破解了许多禁忌。滁州明清时期，徽商举仕鼎盛，他们一旦发了财，就回乡做屋，为图吉利，大门自不朝南，皆形成朝北居。探花府的这次维修，打算要建成双层屋檐。这重檐习俗的形成，有着一段广为流传的故事。据传，五代十国时，徽州是南唐后主李煜所辖之地。赵匡胤发动陈桥兵变，建立宋朝，亲征到了滁州、歙州等地区，当宋太祖到了现今休宁县海阳城外时候，大雨突降，太祖便站到一处瓦房檐下避雨，为免扰民，太祖下令不得进入室内。可是徽州民居屋檐很小，远不及中原地带的屋檐那么长，加上这天大风大雨，一行人都淋成了落汤鸡。大雨过后，居民开门发现太祖被浇得如此狼狈，以为罪责难逃，跪地不起。太祖却未责怪，问：“歙州屋檐为何如此窄？”村民答曰：“这是祖上沿袭下来的，一向如此。”太祖便道：“虽说祖上旧制不能改，但你们可以在下面再修一个长屋檐，以利过往行人避雨。”村民一听，连称有理，于是立即照办。自此以后，徽州渐渐所有民居都修成了上下两层屋檐。时隔数代，江淮大地的民居都模仿徽州民居建造重檐。吴家的探花府建造于清顺治帝时期，而吴家的祖先由江浙迁居至此，不喜欢这里的重檐大屋，造房时保留了许多的江浙风格。所以此番大修，吴旦决定就手改成与当地相同风格的重檐。